Die Gesamtleitung von HSGYM obliegt dem Steuerungsgremium HSGYM Strategie. Darin sind die ETH Zürich, die ZHAW, die PH Zürich und die ZHdK mit den Rektor:innen, die Universität Zürich mit der Vize-Rektorin und Prorektorin Lehre und Studium, die Schulleiterkonferenz der Zürcher Mittelschulen mit einem Rektor (Leiter HSGYM) und einer Prorektorin sowie das Mittel- und Berufsbildungsamt der Zürcher Bildungsdirektion mit dem Amtschef und der Leiterin Mittelschulen vertreten.

Die siebenköpfige Leitung HSGYM (Aleksandar Popov, SLK; Sandro Zanetti, Ko-Studiendekan UZH; Maresa Knaus, UZH; Regula Christen, ETH; Christoph Niedermann, ETH und Philipp Michelus, LKM) koordiniert HSGYM operativ. Koordinator ist Sandro Fehr, Mittelschullehrer für Geschichte (Kontakt).

25 paritätisch zusammengesetzte Kerngruppen – in der Regel je zwei Dozierende und zwei Mittelschullehrpersonen – nahmen die Schnittstelle kritisch unter die Lupe und erarbeiteten Vorschläge für die Optimierung des Übergangs. Alle Fächer, die an Zürcher Mittelschulen unterrichtet werden und fünf weitere ausgewählte Studienrichtungen (Filmwissenschaft, Ingenieurwissenschaften, Medizin, Materialwissenschaft, Psychologie und Publizistik) waren an diesem Prozess beteiligt. Heute sind 21 Kerngruppen aktiv: Alte Sprachen, Bildnerisches Gestalten, Biologie, Chemie, Deutsch, Englisch, Französisch, Geographie, Geschichte, Informatik, Italienisch, Mathematik, Musik, Pädagogik und Psychologie, Philosophie, Physik, Religion, Russisch, Spanisch, Sport sowie Wirtschaft und Recht.

Fachkonferenzen (in der Regel 1 Vertretung pro Fach und Mittelschule im Kt. Zürich, seit 2014 zusätzlich 1 Vertretung pro Fach und Kanton der umliegenden Kantone SZ, GL, ZG, SH, SG, AG und TG) prüften für alle Mittelschulfächer die Vorschläge und verabschiedeten Empfehlungen. Publiziert wurden diese im Januar 2008 unter dem Titel «Hochschulreife und Studierfähigkeit – Zürcher Dialog an der Schnittstelle mit Analysen und Empfehlungen zu 25 Fachbereichen».
Seither setzen sich die Kerngruppen und Fachkonferenzen für die Fortsetzung des Dialoges, für die Umsetzung der Empfehlungen und für die Entwicklung von Nachfolgeprojekten ein.

Mittel- und Hochschulen sind autonom für die Umsetzung der Empfehlungen in ihrem Kompetenzbereich zuständig. Das zentrale Anliegen der Gymnasien ist dabei die Entwicklung von Gesamtkonzepten zur Förderung überfachlicher Kompetenzen und gezielter Akzentsetzungen in der Hochschulvorbereitung.